Le Bénin se situe entre le fleuve Niger au nord et la plaine côtière du sud. Les plateaux du sud, de faible altitude, offrent un paysage de forêt-savane guinéenne. La chaîne de l’Atacora, qui s’étend le long de la frontière nord-ouest et culmine au mont Sokbaro (658 m), est principalement constituée de savane et de montagnes semi-arides. Le sud du Bénin a un climat de type équatorial avec quatre saisons, deux humides et deux sèches, tandis que le nord n’alterne qu’entre une saison pluvieuse et une sèche.
Au nord du Bénin, le parc national de la Pendjari et le parc régional du « W », qui s’étend jusqu’au Burkina Faso et au Niger, sont deux des écosystèmes de prairies semi-arides les plus protégés et les plus riches en biodiversité d’Afrique de l’Ouest. La vie animale du « W » comprend des éléphants, des léopards, des lions, des antilopes, des singes, des crocodiles et des buffles, mais aussi de nombreuses espèces de serpents et d’oiseaux. La forêt tropicale d’origine, qui couvrait la majeure partie du sud du pays, a été largement défrichée. A sa place, de nombreux palmiers à huile et rôniers ont été plantés et des cultures vivrières sont pratiquées. Les quelques étendues de forêt tropicale qui subsistent sont riches en essences tropicales.
La diversité de la faune et de la flore, plus concentrée dans les aires protégées, reste menacée par l’expansion des feux de végétation, l’élevage extensif, la surexploitation des peuplements forestiers, le surpâturage, l’utilisation de pesticides, les activités de braconnage et l’expansion agricole. Ainsi, les principales pressions anthropiques qui affectent la biodiversité au Bénin sont la perte d’habitat, l’utilisation non durable, la surexploitation des ressources et la pollution. Ces pressions sont aggravées par le changement climatique et la dégradation des sols, qui rendent les épisodes d’inondation près des rivières plus récurrents, tandis que l’érosion côtière constitue une lourde perte pour l’économie. La désertification dans la partie nord est une autre menace majeure pour les moyens d’existence de populations en manque d’alternatives.