La République de Guinée comprend quatre régions naturelles aux caractéristiques distinctes. La Basse Guinée, ou Guinée Maritime, la Moyenne Guinée, constituée de chaînes de montagnes, la Haute Guinée qui comprend le bassin supérieur du fleuve Niger et ses principaux affluents et la Guinée forestière, au sud-est. Le pays jouit d’un climat tropical, avec l’alternance de deux saisons (sèche et pluvieuse) dont la durée varie selon les régions. Avec un réseau hydrographique très dense de plus de 1 100 cours d’eau répartis dans 23 bassins fluviaux dont 14 internationaux, la Guinée est aussi connue comme le « château d’eau ouest-africain ».
La Guinée abrite de nombreux écosystèmes terrestres tels que les montagnes, les forêts denses humides, les forêts denses sèches, riches en biodiversité mais fragilisées, ainsi que les savanes, les plantations forestières et les agrosystèmes. La Guinée offre également des abris de choix pour une biodiversité unique en Afrique de l’Ouest, notamment dans ses reliques de forêts denses humides classées comme zones à haute biodiversité (hotspot). Victime des feux de brousses et des défrichements, la forêt dense sèche guinéenne – qui couvre la moitié nord de la Guinée à l’exception du Fouta-Djalon – renferme sans doute la faune mammalienne la plus riche du pays, avec des animaux comme le lion, la panthère, l’antilope, les biches, les agoutis, les lièvres etc…
La récolte illégale et l’exploitation non durable des ressources en général, mais aussi les systèmes et pratiques agricoles non durables (abattis-brûlis) en particulier créent d’importantes pressions sur l’environnement. Les ressources en eau sont menacées par la pollution dues à l’urbanisation, l’industrie, la production de déchets et l’agriculture, favorisant la réduction des débits, et l’ensablement du lit des rivières. L’exploitation incontrôlée des forêts et des mangroves entraîne un déclin de la couverture végétale et la perte de la biodiversité. L’exploitation minière industrielle et artisanale contribue également à la pollution de l’air, du sol et des eaux en dégradant le paysage guinéen. L’analphabétisme, les pressions dues à la croissance démographique et le contexte politique et économique sont d’autres facteurs de perte de biodiversité identifiés par le pays.